ふるさと納税と年末調整|控除手続きと住宅ローン控除2年目の確認方法

執筆・編集ふる住控除ナビ運営事務局
制度・出典確認2026-10-01
計算エンジンv2026.10.1
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ふるさと納税は年末調整では手続きできません。ワンストップ特例・確定申告との違い、住宅ローン控除2年目以降に勤務先へ出す書類、年末残高と寄付上限の再計算を公式情報で解説します。

先に結論

給与所得者は、住宅ローン控除の初年度は原則として確定申告が必要ですが、2年目以降は勤務先の年末調整で受けられます。2026年のふるさと納税は、10月ごろに給与見込みと年末ローン残高見込みで試算し、年末調整資料または源泉徴収票がそろった時点で再計算してください。

初年度と2年目以降の違い

国税庁は、給与所得者が住宅ローン控除を受ける初年度は確定申告を行い、2年目以降は年末調整で適用できると案内しています。初年度に確定申告する年は、ワンストップ特例を申請していても無効となるため、全寄付を確定申告へ含めます。

2年目以降に年末調整だけで住宅ローン控除を受け、ほかに確定申告理由がなければ、ワンストップ特例を利用できます。医療費控除や副業などで後から確定申告する場合は、寄付も申告し直します。

勤務先へ提出する主な書類

2年目以降は、税務署から交付された住宅借入金等特別控除申告書兼計算明細書と、金融機関の年末残高等証明書を勤務先へ提出します。電子データの場合は勤務先の対応方法を確認してください。

  • 住宅借入金等特別控除申告書兼計算明細書
  • 借入先ごとの年末残高等証明書
  • 勤務先が指定する年末調整書類
  • iDeCo・生命保険料など他の控除証明書

10月試算から年末確定まで

10月時点では給与実績、残りの基本給・賞与、社会保険料累計、返済予定表から年末残高を見積もります。まず安全側の寄付額まで進め、12月の給与や残高証明書が分かってから追加分を判断します。

  • 10月:給与・賞与・控除・残高を見積もる
  • 11月:年末調整の提出内容と寄付済額を確認する
  • 12月:残高証明書と最終給与見込みで再計算する
  • 翌年1月:ワンストップ申請または確定申告を確認する

数字例:年収600万円・残高2,500万円

給与収入600万円、社会保険料90万円、配偶者控除なし、扶養親族なし、2024年入居の認定住宅、2026年末残高2,500万円、取得対価4,000万円、ワンストップ特例とします。住宅ローン控除可能額は2,500万円×0.7%=17万5,000円です。

当サイトの2026年簡易試算では、所得税課税所得242万円、住民税所得割概算30万3,000円、寄付の計算上限7万8,000円、安全側7万円です。これは入力例で、給与・控除・住宅区分が違えば結果も変わります。

源泉徴収票が届いた後の確認

源泉徴収票では、支払金額、給与所得控除後の金額、所得控除の額の合計額、住宅借入金等特別控除の額を確認します。摘要欄や住宅借入金等特別控除可能額も見て、勤務先へ出した内容が反映されているか照合します。

前年の源泉徴収票を使う精確モードは、2026年も収入・扶養・控除が安定している人向けです。変動がある場合は今年の見込みを使う簡易モードを優先します。

ワンストップか確定申告か

寄付先が5自治体以内で、確定申告を必要とせず、期限までに各自治体へ申請できるならワンストップ特例が候補です。住宅ローン控除2年目の年末調整だけでは確定申告理由になりません。

医療費控除や副業などで確定申告するなら、ワンストップ申請済み分を含む全寄付を確定申告へ記載します。

よくある誤り

書類提出と寄付手続は別々に確認します。

  • 初年度なのに年末調整だけで済ませる
  • 当初借入額を年末残高として入力する
  • 前年の源泉徴収票を今年の確定値として使う
  • 確定申告したのにワンストップが残ると思う
  • 借入先が複数あるのに残高証明書を1通だけ使う

公式資料・出典

本記事は次の政府公式資料を基に作成しています。個別の申告は、国税庁・自治体または税理士へご確認ください。